Esto comienza 2 años depues de que Link derrota a ganondorf y 1 años despues de la pelea contra Vaati...Despues de 2 años Ganondorf se livero del Reino Sagrado (Reino Oscuro) al igual que Vaati pero el no estava en el reino oscuro,solo se libero misteriosa mente...Haora Link,para poder ayudar a Hyrule y salvar la trifuerza,Link tendra que encontrar 3 medallones anteriores para poder abrir 3 puertas donde estaran 3 fragmentos de la trifuerza antes de que sea demaciado tarde...y al hacer eso Link podra tener la Master Sword para poder derrotar a Ganondorf,y Ahora Vaati intentara destruir la Minish Sword para que Link no lo pueda volver avencer...y Link tendra que Buscar 4 Piedras misteriosas para poder hacer la nueva Minish sword y derrotar a vaati Que intentara cambiar a hyrule en el nuevo reino Oscuro.